In der Präfektur Rethymno sind zahlreiche Klöster erhalten. Für Besucher geöffnet sind folgende: Kloster Arkadi: Das bedeutendste Kloster der Präfektur Rethymnon. Es liegt 23 km von der Stadt entfernt am Schneidepunkt dreier Regionen. Es wurde im 14. oder 15. Jahrhundert gegründet und war während der Türkenherrschaft ein wichtiges Zentrum des Widerstands. Die Selbstopferung seiner kretischen Verteidiger im Jahr 1866 durch Sprengen der Pulverkammer machten es weitweit berühmt.
Im Zentrum des viereckigen Gebäudekomplexes steht die Klosterkirche, deren Fassade ein typisches Beispiel für die kretische Renaissancearchitektur ist. Das Kloster beherbergt auch ein interessantes Reliquienmuseum.
Kloster Preveli: Das Kloster besteht aus zwei unabhängigen Gebäudekomplexen, die 3 km voneinander entfernt liegen. Für Besucher zugänglich ist das “hintere Kloster“ an der Küste, in dem es auch ein Museum mit Reliquien zu sehen gibt.
Kloster Arkadi: Ein vergleichsweise kleines, aber lebendiges Kloster. In seinem Museum sind Ikonen aus den Kirchen der Präfektur ausgestellt von denen einige der “kretischen Schule” zuzuordnen sind.
Kloster Bali: Ein sehr gut erhaltenes Kloster, dessen Kathedralenfassade aus der ersten Hälfte des 17. Jahrhunderts Renaissancemerkmale aufweist.
Kloster Agia Irini: Altes, erst vor kurzem renoviertes Kloster in unmittelbarer Nähe von Rethymno.
Kloster Metamorphosis Sotira: Kleines Kloster am Westrand der Stadt Rethymnon. Bekannt sind die Handarbeiten der Nonnen, die zur finanziellen Unterstützung des Klosters verkauft werden.
Kloster Diskouri: Kleines, jedoch historisch bedeutsames Kloster in den nordwestlichen Ausläufern des Psiloritis. Es ist zu beachten, daß alle oben genannten Klöster neben Baudenkmälern auch aktive Orte der Glaubensausübung sind.