Es gibt zahlreiche Höhlen und Grotten in der Präfektur Rethymno. Leider ist jedoch keine von ihnen leicht zugänglich und dem Besucher sei geraten, entsprechende Ausrüstung und vor allem Licht mitzubringen.
Die “Sentoni-Höhle” in Zoniana: Die eindrucksvollste Höhle Kretas in Bezug auf natürliche Schönheit. Sie hat 14 Räume und ist 145 m lang. Die Höhle ist beleuchtet und kann besucht werden.
Die Höhle von Melidoni: Sie hat 6 Räume und ist 140 m lang. Sie wurde seit der minoischen Epoche genutzt und 1823 fanden in ihr 370 Menschen einen tragischen Tod, als sie vom türkischen Besatzungsheer ausgeräuchert wurde. Die Höhle ist beleuchtet und kann besucht werden.
Die Höhle Ideon Andron: Der Sage nach die Geburtsstätte des Zeus. Bei mehreren Ausgrabungen wurden hier zahlreiche archäologische Funde gemacht, die beweisen, daß die Grotte von der Jungsteinzeit bis zu den frühchristlichen Jahren vom Menschen benutzt wurde. Die Höhle ist teilweise für Besucher zugänglich.
Die Höhle von Gerani: Eine kleine, aber eindrucksvolle Höhle was ihre natürliche Schönheit anbelangt. Sie ist leider für die Öffentlichkeit geschlossen.
Die Geisterhöhle in Prinos: Eine der schönsten Höhlen Kretas, die aber leider sehr schwer zugänglich ist. Die Präfektur Rethymno ist ein Paradies für Wanderer, vorausgesetzt ausreichende Erfahrung und entsprechende Ausstattung ist vorhanden.
Roussospiti - Vrisinas: Dauer 4 Stunden. Arkadi - Thronos: Dauer 5 Stunden.
Kouroutes - Psiloritis: Dauer 14 Stunden mit einer kurzen Rast auf 1400 m in der Hütte des Bergsteigervereins von Rethymno.
Ano Meros - Kedros: Dauer 8 Stunden.
Apladiana - Kouloukounas: Dauer 6 Stunden. Prassano Schlucht: Dauer 6 Stunden.
Patsos Schlucht: Dauer 3 Stunden.
Mili Schlucht: Dauer 3 Stunden
Europapfad E 4: Man kann entweder beide durchwandern oder nur ausgewählte Strecken. Die Schluchten führen Wasser, was bis etwa Anfang Juni Wanderungen erschwerden kann.