Die Präfektur Rethymno ist eine der vier Regierungsbezirke Kretas. Sie erstreckt sich von den Weißen Bergen (Lefka Ori) bis hin zum Psiloritis und grenzt an die Präfekturen Chania und Heraklion. Sie hat eine Fläche von 1.496 km2, auf die sich 81.157 Einwohner verteilen.
Die großen Bergzüge der Lefka Oh, des Psiloritis und des Kouloukounas, sowie die kleineren des Kedros, Asiderotas und des Vryssinas bilden ein Netz von Tälern, dessen bedeutendsten das Milopotamos-Tal und die beiden Amari-Täler sind.
Die wenigen ebenen Gebiete befinden sich nahe der Nord- und Südküste, und im Gebirgsmassiv des Psiloritis liegt die Nida-Hochebene.
Die Hauptstadt der Präfektur ist die gleichnamige Stadt Rethymnon mit 23.126 Einwohnern. Kleinere Ortschaften sind Anogia, Spili, Perama und Episkopi.
Die durchschnittliche Einwohnerzahl der rund 263 Dörfer der Präfektur beläuft sich auf ca. 200 Personen.
Hauptverkehrsachsen sind die neue Nationalstraße entlang der Nordküste, die alte Nationalstraße, die sich südlich davon durch die Berge schlängelt, sowie die Straße von Rethymno nach Spili, Agia Galini und Sfakia, die von Norden nach Süden verläuft.