In der Präfektur Rethymno gibt es zahlreiche byzantinische Kirchen, von welchen mehr als 250 Wandmalereien aufweisen. Nachfolgend sind die interessantesten in Bezug auf Architektur und Heiligenmalerei aufgeführt.
Vizari Basilika: 3-schiffige Basilika aus der ersten byzantinischen Periode in der Nähe des Dorfes Vizari, dessen Ruinen gut erhalten sind.
Panormo Basilika: Die größte bekannte frühchristliche Kirche Kretas liegt 500 m nordwestlich des Dorfes Panormo.
Agios Ioannis Gerakari: Ein Komplex einräumiger Kirchen, die in drei Bauabschnitten errichtet wurden. Hier findet man interessante Wandmalereien
Panagia Lambrinis: Eine interessante Kirche in ihrer Gesamtheit mit schönen Wandmalereien (zwei Phasen).
Panagia Miriokephalon: Die Kathedrale eines der ältesten Klöster Kretas, deren Wandmalereien aus zwei Epochen stammen.
Agios Ioannis Episkopi Mylopotamou: In dem kleinen Dorf Episkopi, nahe der Grenze zu Heraklion, steht diese interessante, halb verfallene Kirche.
Agios Georgios Apodoulos: Die Kirche eines zerstörten Klosters mit sehr eindrucksvollen Wandmalereien.