Die Präfektur Rethymnon ist übersäht mit den Überresten früherer Kulturen und bis heute wurden an über 340 Orten Funde aus der Neusteinzeit bis zu den Römern entdeckt. Die organisierten Ausgrabungsstätten, an denen der Besucher ein allgemeines Bild bekommen kann, sind nachfolgend aufgeführt.
Eleftherna: Die interessanteste archäologische Stätte der Präfektur. Die Stadt Eleftherna war auf einem Hügel erbaut und von zwei Gebirgsbächen umgeben. Heute kann man die Ausgrabungen sowohl vom Dorf “altes Eleftherna“ als auch vom neuen “Eleftherna“ aus besichtigen.
Syvritos: Die Überreste der antiken Stadt, die derzeit ausgegraben wird, können vom Dorf Thronos in der Kephalas Gegend besichtigt werden. Axos: Die Ruinen der antiken Stadt kann man vom gleichnamigen Dorf aus besuchen.
Lappa: Die Ausgrabungen der alten Stadt, die stückweise freigelegt wird, können im Dorf ARGYROUPOLIS besichtigt werden. Seit einiger Zeit wird in der Gegend von “Pente Parthenon“ ein römischer Friedhof ausgegraben.
Armem: 1 km nördlich des Dorfes Armeni kann man den antiken minoischen Friedhof besichtigen. Monastiraki: Die Ausgrabungen der minoischen Anlage können im gleichnamigen Dorf besichtigt werden.
Stavromenos: Im gleichnamigen Dorf können die Überreste eines römischen Thermenkomplexes besichtigt werden. Die beweglichen Fundstücke werden bewacht und die wichtigsten sind im archäologischen Museum von Rethymnon zu sehen.
Zominthos: Bedeutende archäologische Stätte mit einer großen minoischen Siedlung und einem eindrucksvollen Gebäude, das gut erhalten ausgegraben wurde.